欧文的叔叔在经营着一家以动物表演闻名的马戏团，但一场大火却让叔叔意外去世，马戏团的表演场也全部化为灰烬。此时，继承马戏团的重担落在了欧文身上，但他却显得犹豫不决，而在叔叔的葬礼上，欧文的大伯霍勒肖放话要继承马戏团和宝藏，小丑红鼻头也将一盒贴着“绝对不能吃”的动物饼干交给了欧文，令局势更加混乱……

　　琴（法米克·詹森 Famke Janssen 饰）的死亡在X战警中造成了持续的影响，斯科特和金刚狼罗根（休•杰克曼 Hugh Jackman 饰）恍然若失。学院的教学任务落在了风暴女（哈莉•贝瑞 Halle Berry 饰）和金刚狼等人的肩上，异种人在这里才能得到身份的认同。某公司从一名异种人儿童的基因中提取出了还原变异的X基因的“解药”，可以令异种人的身…

欧文的叔叔在经营着一家以动物表演闻名的马戏团，但一场大火却让叔叔意外去世，马戏团的表演场也全部化为灰烬。此时，继承马戏团的重担落在了欧文身上，但他却显得犹豫不决，而在叔叔的葬礼上，叔叔的哥哥霍勒肖放话要继承马戏团和宝藏，小丑红鼻头也将一盒贴着“绝对不能吃”的动物饼干交给了欧文，令局势更加混乱……

第一集中，变异人在X教授的指挥下，将邪恶的万磁王打入冷宫，但是依然得不到社会的承认。在一次政治要人遭到暗杀后，所有的矛头又一次指向变异人。这一次，X教授也感到压力大增，以致于跟美国总统都要就此事进行磋商。一个拥有很高声誉的前将军，率领着反对变异人的联盟连续对x教授施压。

变种人族群遭到了前所未有的毁灭性打击，而这一切的根源是“魔形女”瑞文在1973年刺杀了玻利瓦尔·特拉斯克。X教授和万磁王决定让金刚狼穿越回1973年，说服他们一起阻止魔形女的行动。