地球已经很久没有遭受怪兽的侵害了，似乎恢复了和平。　　人类将目光进一步转向宇宙，因此对抗怪兽灾难的队伍规模也在逐步缩小。　　而就在这时，神秘宇宙漂浮体“斯菲亚”突然向地球发动攻击。地球与宇宙的联系被斩断，变成了“孤独的行星”。　　斯菲亚的恶魔之手也逼近了主角明日见奏大的日常生活，它不停地制造着破坏，最终从漂浮体变成…

　　北原伊织（龙星凉饰）在升上大学后，寄宿在叔父所经营的潜水商店「GRAND BLUE」，并且与相隔十年不见的表姐妹—古手川奈奈华（朝比奈彩饰）和古手川千纱（与田佑希饰）同住一个屋檐下生活。对青春大学新生活充满期待的他，被大学潜水社团「Peek a Boo」盯上，殊不知被社团前辈盯上，连热爱二次元世界的友人今村耕平也一起被扯进来，于是展开…

特利迦奥特曼与黑暗巨人的战斗结束数年之后，地球再次迎来了和平的年代。现在已经基本见不到怪兽的踪影了，怪兽带来的灾害影响也已经渐渐地淡出了人们的视线。人类已经开辟了火星移居地，并打算组建新的队伍开辟第二个火星移居地。地球上的人类开始了探索宇宙的征程，现在进入了新领域时代。结果，在探索的过程中，宇宙神秘生命体斯非亚突然出现…

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