在午夜神秘的钢琴声中凹凸学园的新学期开学了。教师团队对校园中发生的神秘事件含糊其辞，而一个个谜题却总出现在同学们的身边。洒满阳光的美术教室弥漫着浓雾、破旧的老教学楼散发着诱人的香气……幕后主使竟拥有关闭校园的权利！同学们，凹凸学园解谜大事件欢迎加入！

《凹凸学园第二季》是动画《凹凸世界》的番外衍生剧第二季，故事主要讲述了凹凸大赛的参赛者们作为中学生上学期间的日常故事。在这一季中大家举办了学园祭、经历了转学风波、同时也有教员们和家长们的苦恼。

这是充斥着灵气的时代，又是修仙者云集的世界。少年吴浮重生归来，只是抬头望了眼，他是何等的平静。这是一条崭新通向巅峰的归途！我需要做的，就是提剑肃清上一世所有的敌人！