故事开始于四百多年前的日本战国时代。阳炎（三石琴乃 配音）将自己的儿子烈火（冈野浩介 配音）传送到了现代，和烈火一起穿越时空的还有他同父异母的哥哥红丽（置鲇龙太郎 配音）。之后，遭到了诅咒的阳炎就一直在寻找自己的孩子。如今的烈火是一名十六岁的高中生，唯一与众不同的地方就是他能从手心处燃起火焰而不被灼伤。　　一次偶然中…

　　在人与妖怪之间过着忙碌日子的夏目，偶然与以前的同学结城重逢，由此回忆起了被妖怪缠身的苦涩记忆。此时，夏目认识了在归还名字的妖怪记忆中出现的女性·津村容莉枝。和玲子相识的她，现在和独子椋雄一同过着平稳的生活。夏目通过与他们的交流，心境也变得平和。但这对母子居住的城镇，却似乎潜伏着神秘的妖怪。在调查此事归来后，寄生于猫…

马德拉斯（小林沙苗 配音），一位行迹诡异的杀手，活跃在卡萨索尼卡王国内战的战场之上。玛格丽特（桑岛法子 配音），一笔价值不菲的遗产的唯一继承人，从小打到都是养尊处优的大小姐。这两个表面上看来毫无关联的女子，其唯一的共同点就是都失去了记忆。而玛格丽特唯一记得的，只有“马德拉斯”这一个名字。

北岛真夜是个平凡的高中生，是一个贫穷家里的小女孩，与在横滨唐人街面店工作的母亲相依为命，与母亲住在中华料理店的二楼，但她不论功课、运动各方面表现都不好，但真夜十分喜爱戏剧，却很有模仿演出的才能，只要是她看过一次的戏，就可以将全部台词背起来。她获选参与学园祭的戏剧演出机会，但她所饰演的角色（比比）是村里最穷，受人嘲笑的角…

从小就能看见妖怪的少年·夏目贵志，继承了祖母玲子的遗产“友人帐”，与自称保镖的猫咪老师一起，开始将名字返还给被束缚在友人帐中的妖怪。通过与妖怪及与之相关的人们接触，开始摸索自己前进之路的夏目，在与心灵相通的朋友们帮助下，设法守护自己重要的每一天。

高中生夏目本来可以拥有平凡的高中生活，但是，他却能看到妖怪，并因此而苦恼。很多次，他都差点被妖怪夺去性命。 一次偶然的机会，夏目巧遇猫神。猫神告诉他，夏目的外婆玲子有一本“友人帐”上面记录了所有被玲子打败的妖怪的名字，玲子死后，妖怪为夺回名字，才纠缠夏目。只有把妖怪的名字还给他们，夏目才能恢复宁静的生活。 为了回到宁静的…

夏目的祖母玲子可以看见妖怪，并有很强的力量。但是被周围人疏远的她很早就离开了人世，只留下一本友人帐。友人帐里记录了曾经被玲子打败的妖怪的名字，且这些妖怪必须守护友人帐的主人。 玲子去世后，这本友人帐留给了夏目。强大的友人帐吸引了各种妖怪的造访，给夏目带来不少麻烦，但是也引领夏目不断成长着。　　夏目追寻妖怪的记忆不断了解…

从小就能看见妖怪的少年、夏目贵志，为了将被写在祖母遗物“友人帐”里的妖怪名字还给妖怪，认识了许多妖怪与人，也逐渐与他们有了很深的羁绊。有一天，夏目受到塔子之托外出，却遇到诡异的壶妖，还要求夏目“把重要的宝物还给我”，似乎是误将他当成祖母铃子了……。

　　本编的主人公是美国军队的日系2世。　　随是军人但对军队的制度厌烦、是好强不认输的类型。　　年轻时成为了驾驶员，因此变得、自大傲高。但被仇人击落后、心理就稍有动摇。加上几年前的统一战争中失去了家属。为此、他封闭自己，使得别人不容易与他相处。“使我失去了家属的敌人就应该死！”这是真一的复仇之言。但自从遇上了纱拉之后………

　　随同去年9月底《超时空要塞F》最终回放送结束之际，TV动画片尾便登布了剧场版制作的消息，广大死忠为之虎躯一震，翘首以待。在2009年1月发售的Macross系列作品的综合杂志《Macross Ace》Vol.001当中，些许剧场版情报流出，其中在河森正治总监督＆菅野洋子特别会谈中，两位业内人士对将在2009年上映的《超时空要塞MF》剧场版进行了将近3小…