在一个人类和魔宠共存的世界，虽然两边有时会彼此发生冲突，但有一种被称为“愈术士”的人类，拥有治愈及引导魔宠的能力，为了帮助瓶装少女“梅露可”恢复记忆，身为见习愈术士的主角展开了未知的冒险旅程。

在现代日本生活的“本须丽乃”，在决定就职于自己所心愿的图书馆的那天去世了。想去读更多的书，抱着这样的念想的她，意识到的时候，已经拥有了异世界幼女清醒的身体并恢复了意识。故事的舞台是由拥有魔法力量的贵族们所统治的中世纪异世界的都市エーレンフェスト。在严格的身份制度中，拥有现代日本知识的少女梅茵，为了得到书而奋斗。梅茵终于…

2010年，曾经的小学生们已经步入大学，八神太一、石田大和等人步上不同的人生道路（八神太一和石田大和将会成长为22岁），而就在此时，数码宝贝的研究者（松冈茉优 配音）却告诉他们：“被选召的孩子们”长大成人后，数码宝贝也将随之消失。