太一等人因为狮子兽的死产生了动摇，而光子郎则提议找出缅因猫兽被感染的真相。但作为缅因猫兽主人的芽心却想不到为何缅因猫兽会被感染。　　为了防止其他数码宝贝被感染，光子郎在办公室建立了隔离区，然而巴达兽却已经出现了被感染的征兆……此时，数码宝贝们告知了大家一个有关数码宝贝世界的重大秘密。面对秘密的真相以及再度出现的缅因…

　　故事發生在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的6年後。2005年的一天，東京港區海面上的波浪在朝陽下搖曳……17歲的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的鬧鐘，踢開混亂的被鋪，低聲滴咕下伸展四肢。拉開了窗簾，光線照到桌上一幅「那一天」的集體照上。隨後他在「一路順風，哥哥」的送別聲下，騎上腳踏車出門，奔向那片初夏的青空……現在，…

　　刚转学到乡下的雨宫修平（神木隆之介 配音），是一个励志成为钢琴家的小学5年级学生。刚进新班级就被班上同学捉弄了，同学一濑海挺身而出替他解围（上户彩 配音），两人从此相识。在一之濑海的带领下，雨宫修平见到了一架被舍弃森林中的钢琴，并发现这架钢琴只有一濑海能弹出悦耳的琴声。音乐老师阿字野（宫迫博之 配音），在听说海能够弹响…

　　仓田纱南（小田静枝 配音）从小就进入剧团表演，以童星的身份出道，人气十分了得。可是，即使是这样的孩子也有着数不清的烦恼。班上名为羽山秋人（中崎达也 配音）的男生带头反抗老师，使得班级陷入混乱之中，令纱南十分头痛，然而，当纱南得知秋人悲惨的身世和糟糕的家庭状况之后，决心依靠自己的力量来治愈秋人。　　佐佐木刚（三泽真弓 …

　　小桀的父亲是名顶级猎人，却在他很小时就离开了他。多年后，天资聪慧生性善良的他也决定成为一名猎人，并借此去寻找素未谋面的父亲。　　在考取猎人证的过程中，小桀结识了杀手家族出身的奇犽，火眼睛族的唯一幸存者库拉皮卡和想要成为救济穷人的医生的雷欧力。并且和西索，一个视强者为猎物的神秘魔术师形成亦敌亦友的关系。　　经过重重考…

　　2053年，来自宇宙的神秘生命体突然侵略地球，人类伤亡惨重，人口减损大半。面对不可琢磨的强大敌人，人类的反击屡战屡败。富士基地的日本方面军制定了打击敌人据点的最终作战计划“PLANZET”。 大型机器武器的驾驶员明岛大志接到上级命令，这是一场不允许失败的战役，他必须死守基地。开战之前，大志把唯一的亲人——妹妹历美送去安全的火星…

第三季中，入间所在的问题儿童班将迎来新的考验——“收获节”，即进入魔界的巨大丛林进行搜集食物竞赛，是一年级学生的最终战斗。同班同学成为竞争对手，惊心动魄的肉搏和头脑战接连上演？！选定年轻恶魔之王的收获节即将开始！

2010年，曾经的小学生们已经步入大学，八神太一、石田大和等人步上不同的人生道路（八神太一和石田大和将会成长为22岁），而就在此时，数码宝贝的研究者（松冈茉优 配音）却告诉他们：“被选召的孩子们”长大成人后，数码宝贝也将随之消失。