史迪奇骑着太空摩托车意外的坠落在一个名叫“十六夜”的日本小岛上，并且遇到了孤独的日本女孩柔奈。一开始两人有些误会和争吵，但慢慢地发现了彼此的共同点，变成了好朋友。史迪奇也被岛上神石的力量所吸引，决定做满43件小事来启动神石的力量帮助他完成愿望。

主角工藤新一原本是一位颇具名声的高中生侦探，在目击黑暗组织的地下交易后，正准备追踪时却被突袭击昏，并被灌下代号为“APTX4869”的不明药物。后来虽然幸免于死，但身体就此缩小为小学时期的模样。之后他化名为江户川柯南，在邻居阿笠博士的建议下，寄住在女友毛利兰的父亲—侦探毛利小五郎家中，继续秘密从事追查黑暗组织的工作，并私下探寻…