地球所存在的海姆冥界森林威胁解除过后，从过去争斗的漩涡中获得黄金果实而成为“起始之男”的葛叶纮汰 / 假面骑士铠武，与“起始之女”高司舞在遥远的新生星球中共同生活。某天，谜之机械生命体却突然来袭及将舞拐走，以强横的实力令铠武陷入劣势并读取其的记忆，从中得知地球的存在后利用空间转移开始展开侵略。

花冈七樱和母亲以前共同居住在老牌和式点心店光月庵，她和青梅竹马的光月庵继承人高月椿是初恋对象，但是在15年前，高月椿的父亲被刺身亡事件发生后，警察根据当时年仅6岁的高月椿的证言将花冈七樱的母亲逮捕，花冈七樱也被光月庵所逐出。然而，花冈七樱的母亲在调查中去世了，此案至今仍留有谜团。15年后，花冈七樱与椿在一个点心对决比赛中再…

铠武活跃的舞台是在一个新兴都市。以巨大企业为核心，经济十分繁荣，然而却有种闭塞的感觉，于是年轻人通过跳街舞驱散沉闷的气氛。在这些年轻人中间，暗地里流行着一种通过lock seed召唤小动物Invase，并让它们互相战斗的游戏。这些小动物Invase在游戏进行中会从打开的“异世界之门”现身，然而通往“异世界”的门却开始在世界各地开启，招来了…

男主人公在祖父的回收店铺中发现了一个能拍摄全世界最长全景照片的相机。从那刻开始，主人公的黑白人生开始发生转。