凹凸世界的创世神是一位很肆意随性的神明，他创造了凹凸世界的无数星球和人民，又随心所欲地统治着他们。同时他还设立了七神使，让他们代行神旨。

在午夜神秘的钢琴声中凹凸学园的新学期开学了。教师团队对校园中发生的神秘事件含糊其辞，而一个个谜题却总出现在同学们的身边。洒满阳光的美术教室弥漫着浓雾、破旧的老教学楼散发着诱人的香气……幕后主使竟拥有关闭校园的权利！同学们，凹凸学园解谜大事件欢迎加入！

凹凸大赛将迎来尾声，|众人也由此走向命运的分叉口。|金终于获知了关于姐姐的消息，格瑞也走到了真相面前，鬼狐找到了大赛的漏洞联合了嘉德罗斯小队与雷狮海盗团，安迷修的骑士之道上出现了曾经的引路人，艾比带着曾经的记忆开始寻找创世神失踪的真相，而两位监督天使各自带着神使的任务暗中行事……

《凹凸学园第二季》是动画《凹凸世界》的番外衍生剧第二季，故事主要讲述了凹凸大赛的参赛者们作为中学生上学期间的日常故事。在这一季中大家举办了学园祭、经历了转学风波、同时也有教员们和家长们的苦恼。