地球所存在的海姆冥界森林威胁解除过后，从过去争斗的漩涡中获得黄金果实而成为“起始之男”的葛叶纮汰 / 假面骑士铠武，与“起始之女”高司舞在遥远的新生星球中共同生活。某天，谜之机械生命体却突然来袭及将舞拐走，以强横的实力令铠武陷入劣势并读取其的记忆，从中得知地球的存在后利用空间转移开始展开侵略。

学习成绩优异的水谷雫（土屋太凤 饰）性格冷淡，不愿与周围的人打交道。这一天，她被老师委派去给一位许久不曾来校的男生送作业。那个男生名叫吉田春（菅田将晖 饰），开学第一天就因为打架斗殴而被停课，但是处分解除后也迟迟不见他来学校。见了面才发现，传说中凶神恶煞一般的吉田其实是个十分单纯的大男孩，他会因为别人对他的好而欣喜非常。…

学习成绩优异的水谷雫性格冷淡，不愿与周围的人打交道。这一天，她被老师委派去给一位许久不曾来校的男生送作业。那个男生名叫吉田春，开学第一天就因为打架斗殴而被停课，但是处分解除后也迟迟不见他来学校。见了面才发现，传说中凶神恶煞一般的吉田其实是个十分单纯的大男孩，他会因为别人对他的好而欣喜非常。出于对小雫的信任，吉田终于回到…

铠武活跃的舞台是在一个新兴都市。以巨大企业为核心，经济十分繁荣，然而却有种闭塞的感觉，于是年轻人通过跳街舞驱散沉闷的气氛。在这些年轻人中间，暗地里流行着一种通过lock seed召唤小动物Invase，并让它们互相战斗的游戏。这些小动物Invase在游戏进行中会从打开的“异世界之门”现身，然而通往“异世界”的门却开始在世界各地开启，招来了…