在東京出現了一些可以實現人類願望，甚至復製人類思想的神殿石柱。据說這些石柱，本來已一萬多年沉沒於海底，今次再現，原來又是外星人策動的計劃。他們把人類的思想複製到石柱去，然後再把思想轉為訊號，利用這些訊號操控機械巨獸，於是地球的 存亡與否，便決定於人類本身思想的好與壞了。一位少女不滿父親無惡不作的所為，於是向石柱許願，把…

一群人因为来历不明的花粉失去记忆……医院里，病人们被某个神秘人控制，变得极具攻击性……失去记忆的诸星团寄宿在市立中央病原护士村田恭子的家里……

北川市郊外的湖内突然出现了恐龙。于是奥特警备队将恐龙冷冻，请环境生态学的户根崎教授进行调查。在夜间恐龙突然消失。同时户根崎教授面前出现了一对神秘男女，自称是他们让恐龙复活的。他们发明了理想的未来城市「生态都市」。对地球环境恶化感到焦虑的户根崎教授为了实现理想而协力，不过这却是梅特龙星人的可怕陷阱。

地球防衛軍的總指揮古橋參謀往宇宙進行友好計劃，在太空船內離奇被殺，而其他工作人員亦不幸遇害，外界對於這宗事件諸多揣測……

宮西村突然出现大量黄金，使得村民为了争抢而大打出手。一个漂浮在空中的奇怪的眼球从村民身体里吸出些什么，村民们立刻就平静了下来。这时，诸星团来到了这里……

超人警備隊的里美回到故鄉，無意中發現了一本描寫「大鐵人」秘密的書籍，多年前她爸爸為了出版這本書被外星人所殺，今天 里美再與寫這本書的叔叔重逢。

外星人恐怖分子拿著一種稱為「菠蘿蛋」的化學武器來到了東京，目的是在地球試驗這種武器的威力。超人警備隊今次的任務，是要在東京找出外星人的蹤跡，並把「菠蘿蛋」一併毀滅。隊員水野最近戀上了一個貌若天仙的女牙醫，在毫無防禦的情況下，跟隨她到了一個奇怪的貨倉，在那裡，水野發現了「菠蘿蛋」，這位令水野神魂巔倒的美女終於露出了真面目…

在超人警備隊阿島隊員的故鄉，有市民目睹一條古老的村在剎那間出現，又在瞬間突然消失了……根据研究，有可能是外星人運用「得奇粒子」的能量，令時空產生變化，把已成歷史的老村莊重現眼前，產生時光倒流的現象……村中一位老伯的手掌上，有幾度神奇的貝殼傷痕，時光倒流，把這位老伯帶回歷史之中，揭開了一幕幕感人的往事……故事中男主角背棄…

两位特殊部队的队员坐在运输机内，盯着监控的屏幕。突然一声警报响起，系统检测到有怪兽出现。这时候特殊部队队员比留间弦人下达了新的指令，弦人命令所有人按照预案去指定地点集合。一头来自宇宙的怪兽甲壳怪兽从天而降，巨大的冲击力给城市带来了很大的破坏。地面防卫部队与怪兽展开了激烈交战。怪兽的肆意破坏摧毁了很多大楼，怪兽出现的地方…

两位特殊部队的队员坐在运输机内，盯着监控的屏幕。突然一声警报响起，系统检测到有怪兽出现。这时候特殊部队队员比留间弦人下达了新的指令，弦人命令所有人按照预案去指定地点集合。一头来自宇宙的怪兽甲壳怪兽从天而降，巨大的冲击力给城市带来了很大的破坏。地面防卫部队与怪兽展开了激烈交战。怪兽的肆意破坏摧毁了很多大楼，怪兽出现的地方…