时光在流逝，幻影忍者们仍在找寻幻影忍者之师-吴大师。与此同时，一个邪恶的摩托车帮派-加满都之子正在崛起。他们正不计一切代价地找寻三个神秘的鬼怪面具。摩托车帮派突袭了皇家宫殿，幻影忍者们正前往保护晴美公主，他们需要发现摩托车帮派的幕后主使，以及他们找寻鬼怪面具的真正原因。原来当三个鬼怪面具集合在一起之后，加满都之子们就能唤…

吴大师训练了4位擅长幻影旋转术的幻影忍者，他们正在寻找4件威力无比的黄金武器，以维护世界和平。魔王加满都和他的骷髅军团紧随其后，企图夺走武器并统治世界。勇敢的幻影忍者们踏上征途，一路战斗，但最终魔王加满都利用4件黄金武器离开了幻影忍者王国。

　　2044年的纽约，大反派朗格勾结外星恶势力试图毁灭地球，大量外星人通过神秘传送门入侵，将城市化为灰烬。忍者神龟们虽负隅顽抗仍不敌敌人攻势，死伤惨重。怀抱着忍者最强武器——希望，忍者神龟们决定回到过去时空，找到开启传送门的钥匙，阻止朗格，恢复世界和平。李奥纳多的弟子凯西肩负起这一使命，他在过去时空与女记者艾普利尔·奥尼尔…

繁华大都会美国纽约，邪恶领袖施莱德率领的大脚帮在城市内为非作歹，甚嚣尘上。安保公司老板埃里克·萨克斯（威廉·菲德内尔 William Fichtner 饰）推出最新安保系统，发誓维护城市的和平。第6频道女记者爱普尔·奥尼尔（梅根·福克斯 Megan Fox 饰）偶然拍到大脚帮被四名神秘侠客挫败的画面，在第二次遭遇非常事件时，她惊讶地发现四名侠客竟然…

在中国现代，有一所专门训练忍者的学校，叫做赤火校园。千年老二山土校园为了抢夺生源独霸天下谋求暴力，在研究禁药的教师老土的教唆下 ，正在密谋灭绝整个赤火校园。他们向赤火校园发起挑战，赤火校园必须赢得比赛才能继续经营。。。赤火校园危在旦夕，小光老师找来了“问题少年”木叶兴入学，与班长秋爷一起修炼忍术，组成战队，赤火校园究竟…

　　讲述了忍者神龟与蝙蝠侠跨时空相遇，他们本都是默默守护正义的使者。然而在铲除罪恶的过程中蝙蝠侠和忍者神龟产生了误解，经过一系列打斗后，解除彼此的误解，共同作战，守护城市的和平以及人们的安全。

　　居住在新泽西的黑帮杀手“鬼狗”（Forest Whitaker弗雷斯特•惠特克 饰）身为非裔，却浸淫在日本武士道的精神世界里，“忠义”为其平生最高信条。他深居简出，不苟言笑，日常与老大靠飞鸽传书联系。鬼狗视老大路易（John Tormey 饰）如亲生父亲，接到命令后决不手软，手起刀落，血浆四溅。　　孤独的他也有可以交心的朋友，闲暇时与公园买冰…

在一个随时都在被人追杀的陌生国度，凯西（斯科特·阿金斯 Scott Adkins 饰）得到师傅的重托带着传说中的神秘武器来到纽约。师傅最终惨遭杀害，为了替师报仇，也为了解开宝物的真相，凯西开始通过仅有的一点点线索去寻求幕后的黑手。当他一点点拨云见日，了解到了这个幕后黑手原来是一个国际化的地下暗杀组织，并且这个暗杀组织的得力杀手是他的…

繁华时尚的忍者岛，乐高小人们过着快乐无忧的日子，除了……隔三差五会遭到邪恶魔头加满都（贾斯汀·塞洛克斯 Justin Theroux 配音）的入侵骚扰外。当然，幸亏有英勇无畏的幻影忍者，他们一次次挺身而出，与魔王大战，才使得忍者岛免于被邪恶统治的危险。绿色忍者劳埃德（戴夫·弗兰科 Dave Franco 饰）是加满都的亲生儿子，不知道他忍者身份的…