一项由中国主导的国际科研项目，正在马里亚纳海沟深处进行时，遭遇未知生物攻击，科研人员被困海底。前美国海军陆战队深海潜水专家乔纳斯·泰勒受命前往营救，再度遭遇数年前曾经在深海给自己留下终身难以磨灭记忆的史前生物巨齿鲨。

登上发现号后，Ensign Tilly（玛丽·怀斯曼 饰）遇上一名意料外的访客并被寻求协助，不过这对组合意外地有着不少共同点。Craft（阿尔迪斯·霍吉 饰）在一间不熟悉的病房醒来后，他发现自己是艘废弃船中的唯一人类，而唯一陪伴着他的是船上的A.I.电脑界面。作为第一名加盟星际舰队的Kelpien人Saru（道格·琼斯 饰），他过去与父亲及妹妹在母星过…