2010年，小学教员市川新市（哀川翔 饰）变身斑马人，打败了前来入侵的外星人，成为全人类的偶像。但在此之后，市川却神秘消失，行踪不明。转眼15年过去，日本发生巨大的改变。正邪颠倒，罪恶横行。东京更名斑马城，每天都有5分钟被称为“斑马时间”。是时，全副武装的斑马警察倾巢出动，对仍滞留街上的市民展开毫不留情的大屠杀。邪恶的相原公藏…

盲剑客座头市（北野武饰）来到一个小镇上，他染着金发，身怀绝技，出手致命。服部源之助（浅野忠信饰）是名武艺高强的剑客，他为了筹钱给妻子（夏川结衣饰）治病也来到小镇，想要寻找一份工作。与此同时，一对为了复仇，化装成艺妓流浪卖艺的野子姐弟（大家由佑子、橘大五郎饰）也来到此地，他们的目标是镇上恶霸银藏和扇屋等。好打抱不平的座头…