名侦探柯南真人版再次复活！不过这次上场的是变身为柯南前三个月的工藤新一的故事。爱好推理的高中生工藤新一（沟端淳平 饰）和其青梅竹马毛利兰（忽那汐里 饰）一直过着紧张又不失甜蜜的生活。这天，新一却收到了疑似来自他的粉丝的挑战书，这个挑战书的背后是多个案件组成的连环推理，一环套一环，如同闯关游戏。新一、小兰、小兰的爸爸毛…

就读帝丹高中的工藤新一（沟端淳平饰），是拥有过人推理能力的高中生名侦探。他的青梅竹马毛利兰（忽那汐里饰），则是曾经荣获冠军的空手道高手。新一与小兰虽然两心相许，但始终没有表白。有一天，当新一醒来之后，发现身处白色的密闭空间，而小兰就在自己身边，两人还被手铐铐在一起。接着新一又看到小兰的父亲——开设侦探事务所的毛利小五郎…

这是工藤新一变成江户川柯南100天前的故事。高中生侦探工藤新一(沟端淳平饰)和毛利兰(忽那汐里饰)一起去深山里的圆月村。在那个村子里流传着巨大的伯劳鸟袭击村人，并像贡品一样挂到树上的大鸟传说。村子里将在3天后举行大鸟的灵魂平息祭典。而工藤新一将一步步解开村子内的怪鸟传说之谜。