2012年2月，东京铁塔上空出现了巨大的数码蛋。就在本宫大辅（20岁）和V仔兽修行拉面技艺的时候，遇到了虽然拿着有裂纹的数码器，但身边没有搭档数码兽的迷之青年——自称“我没有数码兽，我的搭档数码兽被我杀了，我是世界上最初和数码兽建立搭档关系的人类。”

<p>建造于郊外的工厂旧址的巨大集合住宅。最近，女高中生的诡异尸体被发现，难以理解的灵异现象遭到目击等等，种种传闻不绝于耳的地方。搬家到此处的18岁女大学生凛，因一个偶然的契机而遭遇了怪异。对死亡的诅咒感到恐惧的她，在与探查这所建筑物之谜的民俗学者时世，以及咒术师斋恩等人相遇的同时，自己也逐渐逼近怪异的真实面貌。&l…

2012年2月，东京铁塔上空出现了巨大的数码蛋。就在本宫大辅（20岁）和V仔兽修行拉面技艺的时候，遇到了虽然拿着有裂纹的数码器，但身边没有搭档数码兽的迷之青年——自称“我没有数码兽，我的搭档数码兽被我杀了，我是世界上最初和数码兽建立搭档关系的人类。”

2010年，曾经的小学生们已经步入大学，八神太一、石田大和等人步上不同的人生道路（八神太一和石田大和将会成长为22岁），而就在此时，数码宝贝的研究者（松冈茉优 配音）却告诉他们：“被选召的孩子们”长大成人后，数码宝贝也将随之消失。